La Biblioteca del Seminario Diocesano y la Facultad de Teología cuenta en la actualidad con 328.000 volúmenes referentes principalmente a Teología, Sagrada Escritura e Historia. Importantes son también los fondos de las secciones de Literatura y País Vasco. Más de 100.000 monografías procedentes de bibliotecas particulares están a la espera de ser catalogadas próximamente.
Cuenta con un relevante fondo antiguo, dentro del cual destacan importantes manuscritos e incunables. Este fondo se puede consultar en Internet a través del Catálogo Colectivo del Patrimonio Bibliográfico Español.
Esta Biblioteca recibe un destacado número de publicaciones periódicas procedentes de todas las partes del mundo, buena parte de las cuales llega como intercambio con las revistas propias de esta Facultad.
La Biblioteca cuenta con una acogedora sala de estudio a disposición de los alumnos y de especialistas en disciplinas humanísticas, gracias a la riqueza de sus fondos. El catálogo de estos fondos, desde 1900 hasta la actualidad, puede ser consultado en dicha sala en el fichero manual o en la base de datos digital.
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